「TOKYO MER」の正式認可から半年。全国の政令指定都市にMERを展開するため、チームを去ることになった音羽（賀来賢人）の代わりとなるセカンドドクター問題に喜多見（鈴木亮平）は頭を悩ませていた。チーム内では比奈（中条あやみ）の昇格を望む声も上がるが、音羽は比奈に循環器外科の道に進むべきだと断言。比奈も音羽の代わりになれるのかとプレッシャーを感じ、悩んでいた。そんな折、サポートドクターとして青戸（伊藤淳史）がMERにやってくる。青戸は音羽と同じく厚生労働省の医系技官で、表向きはセカンドドクター候補としての派遣だが、そこには厚労省側のある思惑が･･･。
そんな矢先、隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。多数の負傷者を乗せたまま、コントロールを失った屋形船は暴走。現場に急行したMERのメンバーたちだが、接舷できないため乗り込むことさえできない。さらに船底内部での燃料漏れにより、多くの患者を乗せたまま爆発する可能性が発覚！喜多見たちは取り残された人々の救助のため、予想外の作戦に出る。それはまさに、決死の挑戦だった･･･。
| M | E | R |
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劇場版 TOKYO MER～走る緊急救命室～
横浜が、炎に包まれる―前代未聞の緊急事態発生。 地上７０階、取り残された１９３名。
【TOKYO MER】―― オペ室を搭載した大型車両＝ＥRカーで事故や災害現場に駆け付けTOKYO MER】―― オペ室を搭載した大型車両＝ＥRカーで事故や災害現場に駆け付け、
自らの危険を顧みず患者のために戦う、都知事直轄の救命医療チームである。
彼らの使命はただ一つ…『死者を一人も出さないこと』。
横浜・ランドマークタワーで爆発事故が発生。数千人が逃げ惑う前代未聞の緊急事態に。
「待っているだけじゃ、救えない命がある」チーフドクター・喜多見はいち早く現場に向かうべきと主張するが、厚生労働大臣が新設した冷徹なエリート集団【YOKOHAMA MER】の鴨居チーフは「安全な場所で待っていなくては、救える命も救えなくなる」と真逆の信念を激突させる。
地上70階、取り残された193名。爆発は次々と連鎖し、人々に炎が迫る！混乱のなか重傷者が続出するが、炎と煙で救助ヘリは近づけない。まさに絶体絶命の危機…
さらに、喜多見と再婚した千晶もビルに取り残されていることが判明。
千晶は妊娠後期で、切迫早産のリスクを抱えていた…
絶望的な状況の中、喜多見の脳裏に最愛の妹・涼香を亡くしたかつての悲劇がよぎる――
もう誰も、死なせはしない。
命の危機に挑む医療従事者たちの、勇気と絆の物語。